针研所有一支在临床、教学、科验等方面能力较强的针灸专业技术队伍，其主要任务是运用现代科学知识和方法，研究针灸治病的规律及其作用原理，以继承和发扬我国传统针灸医学。拥有针灸免疫研究室（国家中医药管理局三级实验室），针灸神经、泌尿研究室，针灸文献研究室，及针灸中药效应研究联合实验室，先后承担国家自然科学基金课题20余项，市科委课题10余项，及其他部市级、局级课题50余项，获各类科技成果奖50余项。
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